Het fort is in zijn oorspronkelijke vorm gebouwd tussen 1811-1813 in opdracht van Napoleon.

Ambachtslieden uit de hele Provincie Noord-Holland en honderden Spaanse krijgsgevangenen hebben in die periode aan het fort gewerkt.

Tamboer

Wanneer je het terrein van Fort Kijkduin betreedt, passeer je als eerste de tamboer. Dit is een grote verdedigingsmuur die als doel had het fort, het wachthuis en de fortwachterswoning te verdedigen. Achter deze verdedigingsmuur bevindt zich het voorplein met de woning en het wachthuis. 
Na de twee huisjes gepasseerd te zijn loop je via de rolbrug het dak van het 65 meter lange reduit op. Het reduit is de plek waar alle soldaten verbleven. Via de hal kun je met de draaitrap en/of lift afdalen naar de gewelven van het fort waar het museum en het Noordzee-aquarium zich bevinden.

Reduit

Het reduit bestaat uit totaal acht gewelven; de eerste twee worden in beslag genomen door het aquarium en de andere zes door het museum. 
In het museum van het fort kom je alles te weten over de geschiedenis van dit fort en de andere forten van Den Helder. In het eerste gewelf waar je binnenkomt wordt uitleg gegeven over de beginperiode van Fort Kijkduin. De landing van Engelse en Russische soldaten in Noord-Holland in 1799, het bezoek van Napoleon Bonaparte aan Den Helder en de kustverlichting op het duintop Kijkduin (niet te verwarren met het Kijkduin bij Scheveningen) zijn maar enkele voorbeelden. 
In een van de gewelven is de strafkamer te zien. Verder kun je een bezoek brengen aan de kruitkamer, waar ruim 6000 kilogram buskruit lag opgeslagen. 
Naast het Noordzee-aquarium bevindt zich de "Napoleon Bonaparte" beuk waar exposities, symposia en andere evenementen gehouden kunnen worden. Ook is er de mogelijkheid gebruik te maken van horecafaciliteiten voor de bezoekers aan het aquarium en het museum. Indien er een nieuwe tijdelijke expositie wordt ingericht of als er andere actuele zakenzijn, wordt dat op de website onder het kopje "Evenementen" vermeld.

Afstandmeting.

In dit gewelf kom je via een lange trap bij de telegraafhokjes. Hier kun je goed zien hoe de soldaten berichten doorgaven aan de geschutsbatterij van Fort Kijkduin. Uiteindelijk kom je terecht bij de grote gietijzeren koepel, gebouwd in 1897, die het middelpunt vormt van het fort. Vanaf dit punt heb je een schitterend uitzicht over de duinen, de Noordzee, het waddeneiland Texel en de grootste zandplaat van Europa "de Razende Bol".

Contre escarp

Via het laatste gewelf van het fort kom je uit in de 60 meter lange schietgalerij. Vanuit deze plek konden de soldaten van het fort de vijand, die in de droge gracht terecht kwam, beschieten. Het gehele reduit wordt omsloten door deze droge gracht. In de schietgalerij is ook de soldatengevangenis te bezichtigen.

Kruitmagazijn

Via de droge gracht kom je uit bij de tweede kruitkamer van het fort en het kanonnenpleintje waar nog diverse kanonnen staan uit ongeveer 1850. Bijna alle kanonnen werken nog steeds, en een van deze kanonnen wordt nog vaak gebruikt bij trouwerijen die op het fort plaats vinden.

Caponnière

Nadat je het kanonnenpleintje bent gepasseerd kom je uit bij de zuidkant van het reduit waar de ingang is van een ruim 70 meter lange ondergrondse gang. Als je hier doorheen loopt (je kunt ook boven de grond blijven lopen), kom je uit in het verdedigingssysteem van de tweede droge gracht, de caponnière. Hier kun je nog het restant zien van de tweede droge gracht en een aantal secreten(toiletten).